為應民航事業發展的需要，民國五十九年成立「臺灣航空警察所」，隸屬於當時的臺灣省警務處，是我國航空警察建制單位的創始。

民國六十七年為配合中正國際機場（自民國95年11月1日起改名臺臺灣桃園國際機場）開航，裁撤「臺灣航空警察所」，成立「內政部警政署航空警察局」，隸屬於內政部警政署。

民國六十八年，局本部由臺北松山機場遷至臺灣桃園國際機場，開始在新的環境中執行任務。

民國八十年遷入新建行政大樓辦公。