隊長一人：綜理全隊勤(業)務。

副隊長二人：襄助隊長綜理全隊勤(業)務。

下設十組：

行政組：負責安全檢查隊隊部行政、外事、安檢、後勤業務。

督練組：負責安全檢查隊隊部督察、人事、保防業務。

第一組：負責第一航廈出、過境旅客、行李安全檢查勤務。

第二組：負責第一航廈入境旅客、行李安全檢查勤務。

第三組：負責永儲、遠雄空運倉儲等)出、入境貨物安全檢查勤務。

第四組：負責第一、二航廈航機清艙及督導航機清艙勤務。

第五組：負責第二航廈出、過境旅客、行李安全檢查勤務。

第六組：負責第二航廈入境旅客、行李安全檢查勤務。

第七組：負責航郵中心郵件檢查勤務及防爆處理任務，復興、長榮、華膳空廚之出入境班機餐車安全檢查勤務。

第八組：負責榮儲、華儲等之出、入境貨物安全檢查及貨機清艙勤務。

2.刑事警察隊：(將以新視窗開啟)【網站】

        本隊職司民用航空機場區域內之偵查預防犯罪工作，就刑事業務而兼理本局司法、刑事鑑識、紀錄等業務，為本局刑事業務特業幕僚單位，茲分敘如下：

一、就業務職掌方面而言，為本局刑事業務特業幕僚單位，指揮督導臺北、高雄分局及其所屬分駐派出所下列八項業務：

（一）關於預防犯罪業務之規劃、督導、考核等事項。

（二）關於協助偵查犯罪業務之規劃、督導、考核等事項。

（三）關於司法警察及違反社會秩序維護法案件處理業務之規劃、督導、考核等事項。

（四）關於刑事鑑識紀錄業務之規劃、督導、考核等事項。

（五）關於犯罪偵防、鑑識等所需裝備器材標準之釐定、規劃、採購、維護等事項。

（六）關於刑事案件之指揮、督導、通報、管制及有關單位之協調、聯繫等事項。

（七）關於重大、特殊刑事案件之協助偵查及支援等事項。

（八）關於拾得（遺失）物處理。

（九）其他有關刑事警察業務之規劃、督導、考核等事項。

二、就勤務方面而言，除負責桃園機場刑事犯罪偵防工作，督導臺北、高雄分局及其所屬分駐（派出）所相關刑事警察業務與刑事偵查，其任務區分為：

（一）執行民用航空法令：將企圖強暴、脅持航空器及危害飛航安全等，予以逮捕，移送法辦。

（二）檢肅毒品、槍械：與國內外各情治單位交換情報，掌握國內外毒梟及槍械走私集團分子動態，防杜走私闖關入境，危害國民健康及社會安定。

（三）檢肅竊盜：督導落實執行防竊、肅竊勤務，以保障出入境旅客財物及進出口貨物之安全。

（四）查緝走私：依各航站特性，策訂查緝走私計畫，對槍械、毒品走私及大陸偷渡客加強情報諮詢及蒐集，掌握先機及時偵破。

（五）防制偷渡：查察外勞或大陸偷渡客持用偽變造護照出入境，並擴大追查幕後之人蛇集團，以杜絕偷渡管道。

（六）查緝要犯：

１.對情報線索，妥善規劃查捕任務及分工，對因案逃亡海外或企圖潛逃出境者，予以緝捕並解送原通緝機關。

２.協助全國各情治單位將涉及重大刑案之涉嫌人臨時列管，以攔阻其潛逃出入境。

（七）偵辦刑案：綜合研判全般刑事案件之各種資料證據，查捕犯罪嫌疑人移送法辦。

（八）協助各縣市警察單位查緝迅雷、治平專案等列註人口。

（九）預防犯罪：對機場區域內之各航空器、飛航設施、金融機構等設備，規劃組合警力巡守、埋伏、探查，並落實執行，以防竊、防搶及防制破壞航空器、航設施，確保機場治安。

3.保安警察隊：(將以新視窗開啟)【網站】

負責桃園機場全區之警衛安全與秩序之維護，其項目包括：

一、機場地面交通秩序整理與行車稽查。

二、機場公共秩序維持與旅館、旅行業違規事件之查處。

三、機場警察安全與管制工作。

四、航機安全防護與警衛。

五、場站設施之安全防護。

六、特殊任務與專案勤務之執行。

內政部警政署航空警察局保安警察隊組織系統表

組織圖如下表說明之：

1. 航空警察局之下有保安警察隊、刑事警察隊、證照查驗隊、安全檢查隊