民國七十六年因應金門地區民眾需求，於金門空軍基地成立軍民共用機場，當時由於還在戒嚴時期，機場由金門縣警察局派遣警力配合金門防衛司令部機檢組支援機場執行安檢任務，民國八十二年戒嚴解除，由航空警察局於金門成立金門分駐所，正式由金門縣警察局移交給航空警察局執行機場安檢任務.，民國八十三年因金門地區開始開放觀光而由空軍塔台管制交由民航局管制，開放觀光後參觀民眾勢必增加，而空軍機場候機室過於狹窄只能容納三四百人，於是在民國八十四年新航站成立，機場也從容納旅客人數由三四百人成為能容納將近一千人的候機室，而本所也由空軍機場遷至民用機場繼續為旅客服務。